Proti pamětní desce se totiž postavili konzervativci, kteří byli na společné kandidátce s koaličními lidovci. Těm se nelíbilo především Komárkovo poradenské angažmá u revolucionáře Che Guevary na Kubě v polovině šedesátých let, kde docházelo k potlačování opozice a lidských práv.

Komárek se po návratu do vlasti podílel na přípravě ekonomických reforem pražského jara. V listopadu 1989 se aktivně účastnil sametové revoluce a spolupracoval s Občanským fórem. Stal se i místopředsedou vlády a v roce 1992 byl volebním lídrem ČSSD.

Komárek zemřel 16. května 2013. Tři roky poté mu udělil ocenění Miloš Zeman. „Prezident republiky propůjčil Řád Tomáše Garrigua Masaryka profesoru Valtru Komárkovi in memoriam za vynikající zásluhy o rozvoj demokracie, humanity a lidská práva," uvedl mluvčí prezidenta republiky Jiří Ovčáček.