Tvrz vznikla zřejmě již někdy ve druhé polovině 16. století, kdy zdejší statky získali Žalkovští z Žalkovic, z nichž Matyáš započal s výstavbou místní tvrze. Roku 1601 bylo sídlo již majetkem rodu Jurmanů z Krásenska, kteří ve stavbě areálu tvrze pokračovali. Do roku 1657, kdy se tvrz Maršovice stala součástí moravskokrumlovského panství, se často měnili její další majitelé.

Lichtenštejni ale pro sebe další sídlo nepotřebovali a když se členové rodu rozhodli přívést k nám církevní řád Bratří poustevníků svatého Pavla, jako útočistě jim nabídli právě maršovickou tvrz.

Počátkem 18. století už stojí v Maršovicích místo obyčejné tvrze barokní klášter, ale roku 1728 Pavlíni svůj církevní areál prodali starobrněnským Cisterciačkám. Josefínskými reformami na konci 18. století se církevní areál ocitnul v náboženském fondu, celý dvůr i zbytek tvrze byl následně rozdělen a předán do užívání několika různým majitelům. Ještě roku 1843 se sice dozvídáme o tom, že v Maršovicích stojí jednodílná stavba z pálených cihel, která ve svých interiérech skrývá prastaré, silně přemalované nástropní fresky, ale definitivní zánik stavby to nezastavilo.

Obyčejná lidová architektura tvrz zcela pohltila, ale je pravděpodobné, že některý z domů staré zástavby Maršovic by ve svých základech či zdech mohl skrývat kameny původního sídla. Dnes tak má tvrz Maršovice podobu několika rodinných domků se stodolami a zahradami, které jejich majitelé využívají k soukromým účelům. Z těchto důvodů nejsou interiéry veřejně přístupným objektem, ale zdejší destinace je turistům otevřena po celý rok.