Již v prvních dnech bojů zmizel beze stopy. Rodina pak žila v těžkých válečných podmínkách. Po skončení války a vzniku první republiky dostala matka jako válečná vdova trafiku na náměstí v Miroslavi. Josef i jeho bratr František byli mezi zakladateli organizace Sokol Miroslav. Josef se později přihlásil do vojenské pilotní školy v Prostějově. Dne 4. února 1937 v půl sedmé večer havaroval vojenský bombardér Fokker-F-VII poblíž letiště ve Slatině u Brna. Pilot Josef Plechatý zemřel, aniž nabyl vědomí, v zemské nemocnici.